玉溪市总工会设一室三部。

一、办公室

负责协调、督查和综合服务工作；负责市总工会重要会议和重大活动的协调和组织工作,负责文秘、信息、统计、档案、保密、接待工作和机关后勤工作。指导全市工会干部的培训工作。负责指导和推动工会组织职工参与企事业单位民主管理；调查研究与职工利益密切相关的重要政治、经济和社会政策问题；起草文件；承担经费审查委员会办公室工作。

二、女工宣教事业部

参与保护女职工权益的法律、法规的实施和监督；调查研究女职工工作、生活、学习、教育及劳动保护等方面的特殊问题，提出意见和建议；承担玉溪市女职工委员会的日常工作。参与市委、市政府有关职工思想、教育、文化、体育工作方针、政策的研究和制定；指导各级工会的宣传教育工作；研究、制定兴办职工劳动福利事业的有关制度和规定，负责工会劳动福利事业的指导、协调工作。

三、劳动保护法律保障部

指导、协调群众生产和劳动竟赛、合理化建议等方面的工作；承担市级劳动模范的评选、表彰、管理及省级和全国劳动模范的推荐工作；参与职工重大伤亡事故和严重职业危害问题的调查处理；指导开展职工劳动保护、职业安全卫生方面的教育培训工作。参与劳动法律法规执行情况的监督检查和重大劳动争议案件的调处工作；负责群众来信来访工作，组织实施送温暖工程；指导基层推行平等协商签订集体合同制度、工资协商谈判制度；负责指导职工疗（休）养工作。

四、财务部

负责全市工会经费的收、管、用和工会财产的管理工作。研究制定全市工会财务管理体制；审批县、区总工会、市直基层工会经费的预、决算；管理市总工会本级留成工会经费；制定工会及劳动福利事业财务管理规章制度；负责对全市工会经费收、管、用及劳动福利事业财务工作的指导、协调和监督工作；负责机关财务管理工作。